本館地下1樓及2樓為開放大眾使用之收費停車場，至本館參觀之民眾可將車輛停放於地下停車場。
因應臺南市美術館2館自115年1月1日起移撥本處，配合停車系統交接及調整作業，臺南國家美術館籌備處所轄地下停車場將自115年1月1日（00:00）起至2月28日（24:00）止暫停收費，期間停車場仍全天24小時開放供民眾使用。
自115年3月1日（00:00）起恢復收費，屆時場內既有停放車輛亦將依公告收費標準開始計費，請留意相關時間。
恢復收費後，月票及特約用戶將依原臺南市美術館收費標準計繳；符合優惠資格者，可於 115年2月23日起分別至停車場管理室或特約窗口辦理申請。